Una posibilidad para generar el archivo que incluya todo sería hacerlo a mano (renombrando el jar a .zip y editándolo, por ejemplo), aunque si se va a hacer varias veces es más cómodo hacerlo desde el propio IDE, integrado en el proceso de compilación de Netbeans.  Para ello, editaremos el archivo build.xml localizado en la carpeta raíz del proyecto, y añadimos este texto antes de <project>:

    <target name="-post-jar">
        <jar jarfile="${dist.jar}" update="true">
            <zipfileset src="${dist.jar}" includes="**/*.class" />
            <zipfileset src="lib/libreria1.jar" excludes="META-INF/*"/>
            <zipfileset src="lib/libreria2.jar" excludes="META-INF/*"/>
            <manifest>
                <attribute name="Main-Class" value="com.ejemplo.ClasePrincipal"/>
            </manifest>
        </jar>
    </target>

Debemos añadir cada una de las librerías a incluir en el JAR con una línea zipfileset. Este añadido al script permitirá que NetBeans genere un archivo .JAR para el proyecto, que incluye tanto nuestro código como las dependencias, al utilizar la opción "Clean&Compile" del IDE.

Entonces recordé que Netbeans (que no me gusta mucho porque su interfaz me pierde, y si, estoy demasiado acostumbrado a Eclipse) tiene un editor bastante cundiente por lo que me decidí a usarlo.

Así que despues de buscar por ahí y no encontrar solución hice lo siguiente, que resultó funcionar:

1º Copiar el archivo (.java) o paquete donde tengas generado la interfaz y copiarlo al directorio del proyecto de Eclipse como un archivo o una carpeta más. Si inicias eclipse verás que dá errores por todas partes porque no encuentra el jar de donde importar las clases.

2º Localizas el jar que carga la interfaz gráfica en NetBeans (se explica acontinuación).

2.1 Abres las opciones del proyecto con un click secundario sobre el proyecto

Paso 1

2.2 En bibliotecas seleccionas "Extensiones de diseño de Swing" (o algo parecido a Swing Design Extensions) y pulsas en "Editar" (Edit).

Paso 2

2.3 La ruta que aparece es la ruta del archivo .jar que eclipse necesitará para poder lanzar la interfaz gráfica. Así que ahora tienes que importar el archivo .jar (en mi caso "swing-layout-1.0.3.jar") desde tu proyecto de eclipse. (Tip: Una idea interesante es copiarla a la carpeta del proyecto para que cuando lo muevas siga funcionando).

Paso 3

Y ya está. Espero que os haya servido de ayuda.

Saludos picadores!!